Ngọc lục bảo đã được dùng làm như một đơn vị tiền tệ để trao đổi ở Babylon từ 2000 năm trước Công nguyên. Ở Ai Cập cổ đại, người ta đã khai thác các quặng mỏ ngọc lục bảo ở gần Biển Đỏ từ hơn 2000 năm trước Công nguyên để làm đồ trang sức. Các mỏ ở Djebel Sabara, được tìm thấy lại vào năm 1818, được đặt tên nhầm lẫn là mỏ Cleopatra. Các mỏ này hiện đã cạn kiệt, chỉ cung cấp được các loại đá quý có chất lượng không cao.

Các tác giả cổ đại như Theophrastos, Herodotos hay Plinius Già đã từng nhắc đến ngọc lục bảo và miêu tả nhiều tượng, cột hay đài kỷ niệm dùng đến loại đá này. Ngày nay người ta biết rằng đó không phải là ngọc lục bảo thật. Thời đó có thể bị nhầm lẫn với các loại đá khác cũng có màu xanh và thời đó cũng đã có thủy tinh màu xanh giống như vậy. Mặt khác cũng có thể các tượng này được khắc từ các viên ngọc thô có chất lượng không cao.

Vào thời Đế chế La Mã Hoàng đế Nero đã dùng kính một tròng làm từ ngọc lục bảo khi xem các cuộc đấu trong võ đài. Thời kỳ này ở châu Âu người ta chỉ biết đến mỏ ngọc lục bảo duy nhất là ở Habachtal (Áo).

Trong thế kỷ 16, người Tây Ban Nha khám phá các mỏ mới ở Nam Mỹ, chủ yếu là ở Colombia. Mỏ ở Chivor được khai thác từ năm 1545 và mỏ ở Muzo vào năm 1560.

Một trong những hòn ngọc lục bảo lớn nhất thế giới là hòn ngọc Mogul Emerald được tìm thấy vào năm 1695 ở Ấn Độ. Hòn ngọc này nặng 217,80 cara và cao vào khoảng 10 cm. Một mặt của ngọc có khắc các bài kinh cầu nguyện, mặt kia khắc các hình hoa trang trí. Viên ngọc đã trở thành truyền thuyết này được một người giấu tên mua với giá 2,2 triệu USD vào ngày 28 tháng 9 năm 2001 tại Luân Đôn trong một cuộc bán đấu giá của Christie.